pseqsid1.1.0

Füttern Sie pseqsid eine Protein-Multiple-Sequenz-Alignment im FASTA-Format, und es produziert CSV-Matrizen von paarweiser Identität, Ähnlichkeit oder normalisierten Ähnlichkeitswerten (NSS). Dieses Kommandozeilenprogramm, entwickelt und gepflegt von Amaury Pupo Meriño, vergleicht jeden ausgerichteten Proteineintrag mit den anderen.

Die Option --identity misst identische Rückstände an äquivalenten Positionen als Prozentsatz der ausgewählten Sequenzlänge, während --similarity auch als ähnlich eingestufte Rückstände zählt. Die Option --nss berechnet einen paarweise normierten Ähnlichkeits-Score mit substitutionsbasierten Log-Odds-Werten. Mit --length können Benutzer die kleinste, mittlere, größte oder volle Ausrichtungslänge auswählen, wenn Lücken auftreten; Lückenspalten sind von den ersten drei Optionen ausgeschlossen, aber in der Ausrichtungslänge enthalten. Ähnlichkeitsgruppen werden mit --grouping angegeben, und wenn diese Option bei --similarity weggelassen wird, erstellt und verwendet pseqsid default_aa_similarity_groups.txt.

Die Gruppierungsdatei verwendet einen Doppelpunkt mit Gruppennamen, gefolgt von Aminosäurecodes mit einem einzigen Buchstaben, erlaubt jeden Gruppennamen nur einmal und weist jede Aminosäure nicht mehr als einer Gruppe zu; ein #-Zeichen beginnt einen Kommentar. Nur Standard-Aminosäuren und der Bindestrich-Charakter werden akzeptiert, so dass DNA-Alignments als Proteine interpretiert werden und bedeutungslose Ähnlichkeit und NSS-Ergebnisse erzeugen.

pseqsid ist eine Open-Source-Linux-Bildungssoftware, die sich für Studenten, Ausbilder und Forscher eignet, die Proteinkonservierung oder Ausrichtungsbeziehungen über die Befehlszeile analysieren. Version 1.1.0 erfordert Linux mit Snapd und läuft auf x86 64 (amd64) Systemen.