pseqsid1.1.0

Alimentar pseqsid una alineación de múltiples secuencias de proteínas en formato FASTA, y produce matrices CSV de identidad paritaria, similitud o puntuaciones de similitud normalizadas (NSS). Este programa de línea de comandos, desarrollado y mantenido por Amaury Pupo Meriño, compara cada entrada de proteína alineada con los demás.

La opción --identity mide residuos idénticos en posiciones equivalentes como porcentaje de la longitud de secuencia seleccionada, mientras que --similarity también cuenta residuos clasificados como similares. La opción --nss calcula una partitura normalizada de la similitud usando valores basados en la sustitución de log-odds. Con --length, los usuarios pueden elegir la longitud de alineación más pequeña, media, mayor o completa cuando se producen las lagunas; las columnas separadas sólo se excluyen de las tres primeras opciones pero se incluyen en la longitud de alineación. Los grupos de similitud se suministran con --grouping, y si esa opción se omite con --similarity, pseqsid crea y utiliza default_aa_similarity_groups.txt.

El archivo de agrupación utiliza un colon de nombre de grupo seguido de códigos aminoácidos de una sola carta, permite que cada nombre de grupo sólo una vez, y asigna cada aminoácido a no más de un grupo; un personaje # comienza un comentario. Sólo se aceptan aminoácidos estándar y el carácter de la brecha de hifeno, por lo que las alineaciones de ADN se interpretan como proteínas y producen similitud sin sentido y resultados de NSS.

pseqsid es un software de educación de código abierto para Linux adaptado a estudiantes, instructores e investigadores que analizan las relaciones de conservación o alineación de proteínas de la línea de comandos. Versión 1.1.0 requiere Linux con snapd y funciona en sistemas x86 64 (amd64).