vagabond0.3.01ffda07

Refinar modelos de estructura de proteínas contra datos de densidad de electrones de experimentos estructurales con vagabond, que soporta la etapa cristalográfica donde estos modelos están equipados y mejorados. Sus algoritmos de refinamiento basados en bonos ajustan el modelo preservando las relaciones entre átomos representados por enlaces químicos. El objetivo es representar el contenido real de un cristal de proteína lo más fiel posible.

Los usuarios pueden examinar y perfeccionar modelos de proteínas mientras estudian cómo los datos de estructura experimental se convierten en una interpretación tridimensional. El programa se adapta a la enseñanza de métodos cristalinos, investigación de laboratorio y trabajo científico que implica estructuras de proteínas. Se concentra en el refinamiento en lugar de agrupación de conjuntos de datos, diferenciando el cluster4x, que está destinado a conjuntos de datos de agrupación. Esa distinción ayuda a los usuarios a elegir vagabond cuando la tarea está mejorando un modelo de proteína en lugar de clasificar los datos experimentales relacionados en grupos.

Helen Ginn publica vagabond para Linux bajo licencia de código abierto, y la versión actual es v0.3.01ffda07. Requiere Linux con snapd y funciona en hardware x86 64, también identificado como amd64. Como resultado, los usuarios potenciales deben tener un entorno de cristalografía de Linux que coincida con los requisitos de sistema y arquitectura antes de utilizarlo.