pseqsid1.1.0

Feed pseqsid une protéine alignement de plusieurs séquences au format FASTA, et il produit des matrices CSV d'identité par paire, similarité ou scores de similitude normalisé (NSS). Ce programme de ligne de commande, développé et maintenu par Amaury Pupo Meriño, compare chaque entrée de protéine alignée avec les autres.

L'option --identity mesure des résidus identiques à des positions équivalentes en pourcentage de la longueur de séquence sélectionnée, tandis que --similarity compte aussi des résidus classés comme semblables. L'option --nss calcule un score de similitude normalisé par paire en utilisant des valeurs log-odds basées sur la substitution. Avec --longueur, les utilisateurs peuvent choisir la longueur d'alignement la plus petite, moyenne, la plus grande ou la longueur complète lorsque des écarts se produisent ; les colonnes composées uniquement d'écarts sont exclues des trois premiers choix, mais incluses dans la longueur d'alignement. Les groupes de similarité sont fournis avec --grouping, et si cette option est omise avec --similarity, pseqsid crée et utilise default_aa_similarity_groups.txt.

Le fichier de regroupement utilise un nom de groupe côlon suivi de codes d'acides aminés à une seule lettre, permet chaque nom de groupe une seule fois, et assigne chaque acide aminé à un seul groupe; un caractère # commence un commentaire. Seuls les acides aminés standard et le caractère de l'écart des hyphes sont acceptés, de sorte que les alignements d'ADN sont interprétés comme des protéines et produisent des similarités insignifiantes et des résultats NSS.

pseqsid est un logiciel d'éducation Linux libre adapté aux étudiants, aux instructeurs et aux chercheurs qui analysent les relations de conservation ou d'alignement des protéines depuis la ligne de commande. La version 1.1.0 nécessite Linux avec snapd et fonctionne sur les systèmes x86 64 (amd64).