pseqsid1.1.0

Fornisci a pseqsid un allineamento di sequenze multiple di proteine in formato FASTA, e produrrà matrici CSV di identità, somiglianza o punteggi di somiglianza normalizzati (NSS). Questo programma da riga di comando, sviluppato e mantenuto da Amaury Pupo Meriño, confronta ogni sequenza proteica allineata con le altre.

L'opzione --identity misura residui identici in posizioni equivalenti come percentuale della lunghezza di sequenza selezionata, mentre --similarity conta anche residui classificati come simili. L'opzione --nss calcola uno Punteggio di Similità Normalizzata in due modi utilizzando i valori di log-odds basati sulla sostituzione. Con --lunghezza, gli utenti possono scegliere la lunghezza di allineamento più piccola, media, più grande o piena quando si verificano lacune; le colonne di sola distanza sono escluse dalle prime tre scelte, ma incluse nella lunghezza di allineamento. I gruppi di somiglianza sono forniti con --grouping e, se tale opzione è omessa con --similarity, pseqsid crea e utilizza default_aa_similarity_groups.txt.

Il file di raggruppamento utilizza un colon di nome di gruppo seguito da codici aminoacidi mono-lettere, consente ad ogni nome di gruppo solo una volta, e assegna ogni aminoacido a non più di un gruppo; un # carattere inizia un commento. Vengono accettati solo gli amminoacidi standard e il carattere del gap del trattino, quindi gli allineamenti del DNA vengono interpretati come proteine e producono somiglianze senza senso e risultati NSS.

pseqsid è un software di educazione Linux open source adatto a studenti, istruttori e ricercatori che analizzano le relazioni di conservazione o allineamento delle proteine dalla linea di comando. La versione 1.1.0 richiede Linux con snapd e funziona su sistemi x86 64 (amd64).