vagabond0.3.01ffda07

Raffinare i modelli di struttura proteica rispetto ai dati di densità elettronica ottenuti da esperimenti strutturali con vagabond, che supporta la fase cristallografica in cui tali modelli vengono adattati e migliorati. I suoi algoritmi di perfezionamento basati sui legami regolano il modello mantenendo le relazioni tra gli atomi rappresentate dai legami chimici. L'obiettivo è rappresentare il contenuto effettivo di un cristallo proteico nel modo più fedele possibile.

Gli utenti possono esaminare e affinare i modelli proteici mentre studiano come i dati della struttura sperimentale diventino un'interpretazione tridimensionale. Il programma è adatto per insegnare metodi cristallografici, ricerca di laboratorio e lavoro scientifico che coinvolge strutture proteiche. Si concentra sulla raffinatezza piuttosto che sul raggruppamento di dataset, impostandolo a parte cluster4x, che è destinato a clustering datasets. Questa distinzione aiuta gli utenti a scegliere vagabond quando il compito è migliorare un modello di proteina invece di ordinare i dati sperimentali relativi in gruppi.

Helen Ginn pubblica vagabond per Linux sotto una licenza open source, e la versione attuale è v0.3.01ffda07. Richiede Linux con snapd e funziona su hardware x86 64, anche identificato come amd64. Di conseguenza, i potenziali utenti dovrebbero avere un ambiente cristallico Linux che soddisfa tali requisiti di sistema e architettura prima di utilizzarlo.