pseqsid1.1.0

pseqsid にFASTA形式のタンパク質のマルチプルシーケンスアラインメントを入力すると、ペアワイズ同一性、類似性、または正規化類似性スコア（NSS）のCSVマトリックスを生成します。Amaury Pupo Meriñoによって開発・保守されているこのコマンドラインプログラムは、アラインメントされたすべてのタンパク質エントリを相互に比較します。

--identity オプションは、選択されたシーケンスの長さに対するパーセンテージとして、同等の位置にある同一の残基を測定します。--similarity は、類似と分類された残基もカウントします。--nss オプションは、置換に基づく対数オッズ値を使用して、ペアワイズ正規化類似性スコアを計算します。--length では、ギャップが発生した場合に、最小、平均、最大、またはアライメント全体の長さを選択できます。ギャップのみの列は最初の3つの選択肢では除外されますが、アライメント長には含まれます。類似性グループは --grouping で指定し、--similarity とともにそのオプションが省略された場合、pseqsid は default_aa_similarity_groups.txt を作成して使用します。

グループ化ファイルには、グループ名コロンを1文字のアミノ酸コードで使用し、各グループ名を1回だけ許可し、各アミノ酸を1グループ以下に割り当てます。 # 文字はコメントを開始します。 標準的なアミノ酸とハイフンギャップの文字のみが受け入れられているため、DNAアライメントはタンパク質として解釈され、無意味な類似性とNSSの結果を生み出します。

pseqsidは、タンパク質の保存やコマンドラインからのアライメント関係を分析する学生、インストラクター、および研究者に適したオープンソースのLinux教育ソフトウェアです。 バージョン1.1.0は、x86 64(amd64)システム上でスナップして実行するLinuxが必要です。