pseqsid1.1.0

Корм pseqsid представляет собой выравнивание нескольких последовательностей белка в формате FASTA, и он производит матрицы CSV попарной идентичности, сходства или нормализованных оценок сходства (NSS). Эта программа командной строки, разработанная и поддерживаемая Amaury Pupo Meriño, сравнивает каждый выровненный вход белка с другими.

Вариант -идентичности измеряет идентичные остатки в эквивалентных положениях в процентах от выбранной длины последовательности, в то время как -аналогичность также учитывает остатки, классифицированные как аналогичные. Опция --nss вычисляет попарно нормализованный показатель сходства с использованием значений log-odds на основе замены. С длиной - пользователи могут выбрать наименьшую, среднюю, наибольшую или полную длину выравнивания, когда возникают пробелы; столбцы только с пробелами исключаются из первых трех вариантов, но включены в длину выравнивания. Группы подобия задаются с помощью --grouping, и если эта опция не указана вместе с --similarity, pseqsid создаёт и использует default_aa_similarity_groups.txt.

Файл группирования использует колонку с названием группы, за которой следуют однобуквенные коды аминокислот, позволяет каждому названию группы только один раз и присваивает каждой аминокислоте не более одной группы; символ # начинает комментарий. Принимаются только стандартные аминокислоты и характер разрыва дефиса, поэтому выравнивания ДНК интерпретируются как белки и производят бессмысленное сходство и результаты NSS.

pseqsid - это программное обеспечение для обучения Linux с открытым исходным кодом, предназначенное для студентов, преподавателей и исследователей, анализирующих отношения сохранения белка или выравнивания из командной строки. Версия 1.1.0 требует Linux со щелчком и работает на системах x86 64 (amd64).