vagabond0.3.01ffda07

Уточнить модели структуры белка по сравнению с данными структурных экспериментов с vagabond, которые поддерживают кристаллографическую стадию, на которой эти модели установлены и улучшены. Его алгоритмы уточнения на основе связей корректируют модель, сохраняя отношения между атомами, представленными химическими связями. Цель состоит в том, чтобы максимально точно представить фактическое содержание кристалла белка.

Пользователи могут изучать и совершенствовать модели белков, изучая, как экспериментальные структурные данные становятся трехмерной интерпретацией. Программа подходит для преподавания кристаллографических методов, лабораторных исследований и научной работы с участием белковых структур. Он концентрируется на уточнении, а не на группировке наборов данных, выделяя его из кластера 4x, который предназначен для кластеризации наборов данных. Это различие помогает пользователям выбирать vagabond, когда задача заключается в улучшении белковой модели вместо сортировки связанных экспериментальных данных в группы.

Хелен Джинн публикует vagabond для Linux под лицензией с открытым исходным кодом, а текущая версия v0.3.01ffda07. Для этого требуется Linux со щелчком и работает на оборудовании x86 64, также идентифицированном как amd64. В результате потенциальные пользователи должны иметь среду кристаллографии Linux, соответствующую требованиям системы и архитектуры, прежде чем использовать ее.