pseqsid1.1.0

pseqsid'i FASTA formatında bir protein çoklu dizi hizalaması ile besleyin ve ikili özdeşlik, benzerlik veya normalleştirilmiş benzerlik puanları (NSS) CSV matrisleri üretir. Amaury Pupo Meriño tarafından geliştirilen ve sürdürülen bu komut satırı programı, her hizalanmış protein girişini diğerleriyle karşılaştırır.

--identity seçeneği, seçilen dizi uzunluğunun yüzdesi olarak eşdeğer pozisyonlarda aynı kalıntıları ölçerken, --benzerlik aynı zamanda benzer olarak sınıflandırılan kalıntıları da sayar. --nss seçeneği, ikame tabanlı log-odds değerlerini kullanarak çift yönlü Normalleştirilmiş Benzerlik Puanı hesaplar. --length ile, kullanıcılar boşluklar oluştuğunda en küçük, ortalama, en büyük veya tam hizalama uzunluğunu seçebilir; boşluk yalnızca sütunlar ilk üç seçenekten hariç tutulur, ancak hizalama uzunluğuna dahil edilir. Benzerlik grupları -gruplama ile sağlanır ve bu seçenek -benzerlik ile atlanırsa, pseqsid varsayılan_aa_benzerlik_groups.txt oluşturur ve kullanır.

Gruplama dosyası, tek harfli amino asit kodlarını takip eden bir grup adı kolonu kullanır, her bir grup adına yalnızca bir kez izin verir ve her bir amino asidi birden fazla gruba atamaz; bir # karakteri bir yorum başlatır. Sadece standart amino asitler ve tire boşluk karakteri kabul edilir, bu nedenle DNA hizalamaları proteinler olarak yorumlanır ve anlamsız benzerlik ve NSS sonuçları üretir.

pseqsid, öğrencilere, eğitmenlere ve araştırmacılara uygun, protein koruma veya hizalama ilişkilerini komut satırından analiz eden açık kaynaklı bir Linux eğitim yazılımıdır. Sürüm 1.1.0, Linux'un x86_64 (amd64) sistemlerinde çalıştırılmasını gerektirir.