vagabond0.3.01ffda07

Protein yapı modellerini, bu modellerin takıldığı ve geliştirildiği kristalografik aşamayı destekleyen vagabond ile yapılan yapısal deneylerden elde edilen elektron yoğunluğu verilerine karşı rafine edin. Bağ bazlı rafine etme algoritmaları, kimyasal bağlarla temsil edilen atomlar arasındaki ilişkileri korurken modeli ayarlar. Amaç, bir protein kristalinin gerçek içeriğini mümkün olduğunca sadakatle temsil etmektir.

Kullanıcılar, deneysel yapı verilerinin nasıl üç boyutlu bir yoruma dönüştüğünü incelerken protein modellerini inceleyebilir ve rafine edebilir. Program, kristalografik yöntemleri, laboratuvar araştırmalarını ve protein yapılarını içeren bilimsel çalışmaları öğretmek için uygundur. Veri kümesi gruplandırmasından ziyade rafine etmeye odaklanır, veri kümelerini kümelemek için tasarlanan küme4x'ten ayırır. Bu ayrım, kullanıcıların ilgili deneysel verileri gruplara ayırmak yerine bir protein modelini geliştirirken vagabond'i seçmelerine yardımcı olur.

Helen Ginn, Linux için vagabond'i açık kaynaklı bir lisans altında yayınlar ve mevcut sürüm v0.3.01ffda07'dir. Çatlaklı Linux gerektirir ve amd64 olarak da tanımlanan x86_64 donanımında çalışır. Sonuç olarak, potansiyel kullanıcılar, kullanmadan önce bu sistem ve mimari gereksinimlerini karşılayan bir Linux kristalografi ortamına sahip olmalıdır.