pseqsid1.1.0

Alimente o pseqsid com um alinhamento de múltiplas sequências de proteínas no formato FASTA, e ele produzirá matrizes CSV de identidade, similaridade ou escores de similaridade normalizados (NSS) entre pares. Este programa de linha de comando, desenvolvido e mantido por Amaury Pupo Meriño, compara cada entrada de proteína alinhada com as outras.

A opção --identity mede resíduos idênticos em posições equivalentes como uma porcentagem do comprimento da sequência selecionada, enquanto -- similarity também conta resíduos classificados como semelhantes. A opção --nss calcula uma Pontuação de Semelhança Normalizada emparelhada usando valores de log-odds baseados em substituição. Com --length, os usuários podem escolher o menor, médio, maior, ou comprimento total de alinhamento quando as lacunas ocorrem; colunas somente de gap são excluídas das três primeiras opções, mas incluídas no comprimento do alinhamento. Grupos de similaridade são fornecidos com --grouping, e se essa opção for omitida com --similarity, pseqsid cria e usa default_aa_similarity_groups.txt.

O arquivo de agrupamento usa um grupo-nome do cólon seguido de códigos de aminoácidos de uma única letra, permite que cada grupo nome apenas uma vez, e atribui cada aminoácido a não mais de um grupo; um caractere # inicia um comentário. Apenas aminoácidos padrão e o caráter hifen gap são aceitos, de modo que os alinhamentos de DNA são interpretados como proteínas e produzem similaridade sem sentido e resultados de NSS.

O pseqsid é um software de educação Linux de código aberto adequado para estudantes, instrutores e pesquisadores que analisam as relações de conservação ou alinhamento de proteínas da linha de comando. Versão 1.1.0 requer Linux com snapd e roda em sistemas x86 64 (amd64).