vagabond0.3.01ffda07

Refinar modelos de estrutura proteica contra dados de densidade eletrônica de experimentos estruturais com vagabond, que suporta o estágio cristalográfico em que esses modelos são ajustados e melhorados. Seus algoritmos de refinamento baseados em ligações ajustam o modelo, preservando as relações entre átomos representadas por ligações químicas. O objetivo é representar o conteúdo real de um cristal de proteína o mais fielmente possível.

Os usuários podem examinar e refinar modelos proteicos ao estudarem como os dados da estrutura experimental se tornam uma interpretação tridimensional. O programa é adequado para ensinar métodos cristalográficos, pesquisa laboratorial e trabalhos científicos envolvendo estruturas proteicas. Concentra-se em refinamento em vez de agrupamento de conjuntos de dados, definindo-o para além do cluster4x, que é destinado para agrupamento de conjuntos de dados. Essa distinção ajuda os usuários a escolher vagabond quando a tarefa está melhorando um modelo de proteína em vez de classificar dados experimentais relacionados em grupos.

Helen Ginn publica vagabond para Linux sob uma licença de código aberto, e a versão atual é v0.3.01ffda07. Ele requer Linux com encaixe e roda em hardware x86 64, também identificado como amd64. Como resultado, os potenciais usuários devem ter um ambiente de cristalografia Linux que corresponda aos requisitos de sistema e arquitetura antes de usá-lo.